目前海龜保育工作為國際間矚目的議題，一般綠蠵龜產卵高峰在7月間，但在南沙較為特殊，4月間就會有綠蠵龜產卵，每2至4年才會上岸產卵一次，每一窩卵平均約有100顆，但孵化率只有5至7成，如果生產、孵化與成長過程發生意外，數量更有限。

　　綠蠵龜是太平島上害羞的訪客，特別是在五至十月份的夜晚，它們會緩緩地匍匐在太平島的北岸，尋找適合產卵的蔽所。因太平島北側沙灘為海龜主要產卵場地，故南沙指揮部也將島北規劃為生態保育步道，路旁設有「南沙生態簡介」佈告欄，讓同仁在享受南沙生態之美的同時，也能建立正確的保育觀念，協助迷途或擱淺的綠蠵龜，自89年迄今，本署南沙指揮部共計救援279次，2,008隻。101年間，更成功救援10案，共計成龜8隻、幼龜55隻。

　　依據調查，南沙群島已成為保育類「綠蠵龜」的重要棲息地，高雄市政府海洋局也以太平島為中心，公告將太平島劃設為海龜繁殖保育區。其陸域產卵棲地從沙灘起算至樹林外側；海域則為潮間帶與低潮線至12浬處，顯見南沙保育工作有成。

　　除此之外，在生態環境維護方面，落實垃圾分類與資源回收，將回收資源回運台灣處理，島上也會定期舉行淨灘活動，主要是撿拾海灘上隨洋流漂來的人工垃圾，讓國境極南成為永遠的淨土。

　　為強化國人認識及支持國家南海政策，於101年起陸續由國防部主辦，本署協辦共計11梯次南沙研習營活動，參加人員合計311人次，以激發學子熱愛國家情懷，深耕國土疆域意識。