內政

• 海洋委員會海巡署及所屬機關（構）服制規則 民國111年03月07日
• 海岸巡防機關受理遊艇出海報備表格及程序 民國109年11月13日
• 海岸巡防機關配備器械種類規格表 民國108年10月21日
• 海岸巡防機關人員司法警察專長訓練辦法 民國108年10月17日
• 行政院公告變更管轄權 民國107年04月27日
• 海岸巡防機關處理大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域案件裁罰標準 民國106年09月22日

組織

• 本署及所屬機關構編制表 民國109年09月15日
• 海洋委員會海巡署處務規程 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署各地區分署組織準則 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署各地區分署辦事細則 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署偵防分署組織規程 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署偵防分署辦事細則 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署教育訓練測考中心組織規程 民國107年04月27日
• 海洋委員會海巡署教育訓練測考中心辦事細則 民國107年04月27日

處務

• 海岸巡防機關與國防部協調聯繫辦法 民國110年02月20日
• 海岸巡防機關與交通部協調聯繫辦法 民國109年09月23日
• 海岸巡防機關與行政院農業委員會協調聯繫辦法 民國109年09月23日
• 海岸巡防機關與海關協調聯繫辦法 民國109年08月21日
• 海岸巡防機關與警察移民及消防機關協調聯繫辦法 民國109年07月22日
• 海岸巡防機關人員使用器械致人傷亡財產損失醫療費慰撫金喪葬費補償金賠償金支給標準 民國105年10月20日
• 行政院功能業務與組織調整暫行條例施行期間原行政院海岸巡防署所屬軍職人員權益保障處理辦法 民國105年03月04日
• 海岸巡防機關與環境保護機關協調聯繫辦法 民國090年06月13日