組織架構
- 本分署置分署長一人,綜理分署業務,並指揮、監督所屬單位及人員;副分署長二人及主任秘書一人,襄理分署業務。
- 巡防科、維修養護科、建造技術科、後勤科、通電資訊科、督察科、秘書室、人事室、主計室、勤指中心等10個單位。
- 依勤務需要設北部地區機動海巡隊、中部地區機動海巡隊、南部地區機動海巡隊、東部地區機動海巡隊等4個機動海巡隊,設直屬船隊1隊,另設第一(基隆)海巡隊、第二(淡水)海巡隊、第三(台中)海巡隊、第四(台南)海巡隊、第五(高雄)海巡隊、第六(花蓮)海巡隊、第七(蘇澳)海巡隊、第八(澎湖)海巡隊、第九(金門)海巡隊、第十(馬祖)海巡隊、第十二(新竹)海巡隊、第十三(布袋)海巡隊、第十四(恆春)海巡隊、第十五(台東)海巡隊、第十六(澳底)海巡隊等15個海巡隊。