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依海岸巡防法第2條規定,海巡署執法範圍包括台灣地區之海水低潮線以迄高潮線起算500公尺以內之岸際地區與近海沙洲,及中華民國領海及鄰接區法、中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法規定之領海、鄰接區、專屬經濟海域與其他政府所規定之執法水域。
本分署轄區橫跨花蓮、台東兩縣,北起大濁水溪,南迄塔瓦溪及綠島、蘭嶼等兩離島,海岸線全長373.3公里。