【井水】 據收復太平島之中業艦李敦謙艦長於《艱險定疆立奇功進駐南沙群島紀實》中記載(中外雜誌,382期,民國77年(1988年)),民國35年(1946年)12月12日登太平島時,即發現「島之中央地點有清泉土井一口,水質清涼味美,正是我駐島人員飲用水之泉源」。嗣經歷年駐軍陸續擴充,迄民國89年(2000年)海巡署接替防務時已有10口水井,顯見地下水脈蘊藏豐富;原2、3、4號等3口井已於民國96年(2007年)間機場整建時填埋,另1、6、8號等3口井暫無使用,9號井僅養殖吳郭魚;餘5、7、10號等3口井目前正常使用中,另於104年12月12日將使用之水井由島東向島西重新編號。
每日運轉12至20小時,可製造36,000至60,000公升(36~60公噸),經靜置沉澱後供生活盥洗使用,另部分淡水經二次過濾後,供廚房炊事使用。
【雨水回收】 南沙地區旱季為每年2月至6月;雨季為6月下旬至隔年1月;年平均降雨量為3,118.4毫米,每月平均259.9毫米,南沙指揮部目前運用餐廳屋頂承接雨水建置地下回收池(40公噸)及6座蓄水塔(17.5公噸),另配合南沙交通基礎整建工程構建兩座蓄水池,約可蓄儲101,500公升(101.5公噸)雨水,主要供應灌溉使用。