掌理事項如下：
（一）海域與海岸巡防勤務、業務、任務演習、專案演訓、配合國軍協同作戰演訓等之規劃、督導、執行及考核。
（二）海巡隊、機動海巡隊、直屬船隊勤務人力部署、艦船艇需求與轄區劃分規劃、督導、執行及考核。
（三）海域巡護、共同執法、聯合護漁與海洋權益維護之督導、執行及考核。
（四）海洋污染防治與海洋資源保護勤務之督導、執行及考核。
（五）海上災害救護、交通秩序管制、維護與海上船舶碰撞糾紛蒐證、處理之執行及考核。
（六）海上災害救護所需水文、海洋資訊、船舶資訊與相關海上航行安全資訊整備、運用之執行及考核。
（七）海岸巡防機關器械、彈藥配賦運用之督導、執行、考核與其他巡防裝備之配置、管理、督導及考核。
（八）長官視導、特種警衛勤務、人員、駐地安全防護與海域、海岸反恐怖活動之執行及考核。
（九）海域與海岸有關安全情資蒐報、犯罪偵防、偵蒐（防）裝備之研整、協調、管理及其他情報相關事項。
（十）其他有關巡防事項。
- 更新日期：108/01/15
