政府為統籌岸海上執行能量，民國89年結合警政署水上警察局及財政部海關緝私艦能量，成立行政院海岸巡防署海洋巡防總局。民國107年4月28日海洋委員會掛牌運作，海巡署成為所屬三級機關，艦隊分署為海上執法之四級機關。
    艦隊分署傳承海洋巡防總局優良基礎，將在海委會與海巡署指導之下，以更堅強的裝備、更成熟的技能、更積極的態度，戮力達成施政目標，使臺灣成為生態、安全、繁榮的海洋國家。
 

‧民國五十八年

成立現代化海巡組織之前身─台灣省淡水水上警察巡邏隊。

‧民國七十九年一月一日

成立「內政部警政署保安警察第七總隊」，其人員、船艇、裝備及勤務方面，使朝先進國家海上執法機構之水準邁進。不僅組織員額增至一七五三人，巡邏艇亦增為八十三艘。

‧民國八十七年--六月十五日

成立「水上警察局」。編制員額二四六六人，增建巡邏艇三十二艘。

‧民國八十九年--元月廿八日成立

「行政院海岸巡防署海洋巡防總局」，定名為Ｒ.Ｏ.Ｃ. Ｃoast Ｇuard。整合原海關大型艦八艘，成立二十個海巡隊，編制人數三千人。

‧民國一零七年—四月廿八日成立
「海洋委員會海巡署艦隊分署」，定名為 Ｃoast Ｇuard Administration Fleet Branch。計二十個海巡隊，編制人數三千人。