太平島海域執法任務由本署第五海巡隊南沙分隊負責,負責執行禁止、限制水域之偵巡及驅離,並採用「柔性勸導、和平對待」原則,以貫徹、維護南海主權立場之和平政策。 此外,本署亦定期執行「碧海專案」,另國防部海軍司令部「定期偵巡」,相互派遣大型船艦前往太平島協助南沙指揮部實施「南海護漁」及「越界驅離」勤務,展現我護漁決心。
南沙太平島為航行南沙海域船舶及漁民提供及時援助,自89年迄今,本署執行國際人道救援大陸籍「梅航178號」、「瓊參亞」及菲律賓籍海上漂流小船共計11案12人次;另執行本國籍緊急救護共計10案11人次,合計21案23人次,成功扮演人道援助者的角色。