太平島海域地緣環境特殊，周邊聲索國島礁眾多，本署負責執行太平島禁止、限制水域之偵巡及驅離之執法任務，以貫徹維護南海主權立場。此外，本署艦隊分署亦定期執行「碧海專案」，派遣大型船艦前往太平島協助南沙指揮部加強「南海護漁」及「越界驅離」勤務，展現我護漁決心。

　　如通報案件地點為太平島周遭海域，無立即危害或機件故障，由南沙指揮部派任務艇前往協處；距離較遠、有急迫之危險，則啟動南援機制，並通報艦隊分署派遣大型船艦前往救援；另島區設有南沙醫院，可提供受傷、生病船員初步醫療協助，由駐島醫官實施診治。另為貫徹總統宣示「使太平島成為人道救援中心與運補基地」的南海政策，本署於105年11月29日辦理「南援1號」操練，迄今已辦理8次演練，「南援8號」於114年4月24日辦竣。藉由辦理演練，將政府在太平島周邊海域的「海難救助」與「緊急醫療後送機制」等工作，執行更臻周延完善。