| 編號 | 機關（單位）名稱 | 連絡地址 | 連絡電話 |
| 1. | 艦隊分署 | 25155新北市淡水區中正路1段63巷20號
| 電話:(02)28053990 傳真:(02)-28051357 |
| 2. | 艦隊分署督察科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362110或362111傳真:(02)-28058372 |
| 3. | 艦隊分署巡防科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362212或362216傳真:(02)-28057837 |
| 4. | 艦隊分署通電資訊科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362507或362505傳真:(02)-28058361 |
| 5. | 艦隊分署維修養護科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362467或362476傳真:(02)-28059451 |
| 6. | 艦隊分署建造技術科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362490或362439傳真:(02)-28052937 |
| 7. | 艦隊分署後勤科 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362412或362413傳真:(02)-28055694 |
| 8. | 艦隊分署秘書室 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362613或362614傳真:(02)-28058361 |
| 9. | 艦隊分署人事室 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362712或362714傳真:(02)-28058104 |
| 10. | 艦隊分署主計室 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362812或362813傳真:(02)-28056420 |
| 11. | 艦隊分署勤指中心 | 25155新北市淡水區中正路一段63巷20號 | 電話:(02)28053990轉362900或362904傳真:(02)-28051357 |
| 12. | 第一(基隆)海巡隊 | 20248基隆市中正區中正路249號 | 電話:(02)24621451 傳真:(02)24624793 |
| 13. | 第二(淡水)海巡隊 | 25155 新北市淡水區觀海路251號 | 電話:(02)28051439 傳真:(02)28054147 |
| 14. | 第三(台中)海巡隊 | 43650台中市清水區北四路168號 | 電話:(04)26572783 傳真:(04)26572784 |
| 15. | 第四(台南)海巡隊 | 70259台南市南區鯤鯓路601號 | 電話:(06)2620217 傳真:(06)2620259 |
| 16. | 第五(高雄)海巡隊 | 80544高雄市旗津區北汕巷50-72號 | 電話:(07)5719553傳真:(07)5719560 |
| 17. | 第六(花蓮)海巡隊 | 97064花蓮市順興路43號 | 電話:(03)8233781 傳真:(03)8233783 |
| 18. | 第七(蘇澳)海巡隊 | 27046宜蘭縣蘇澳鎮港區路7之1號 | 電話:(03)9961541 傳真:(03)9961540 |
| 19. | 第八(澎湖)海巡隊 | 88056澎湖縣馬公市案山里19鄰大案山200號 | 電話:(06)9215221 傳真:(06)9215225 |
| 20. | 第九(金門)海巡隊 | 89141金門縣金湖鎮料羅里1鄰料羅港1號 | 電話:(082)334261 傳真:(082)334938 |
| 21. | 第十(馬祖)海巡隊 | 20941連江縣南竿鄉福沃村135-12號 | 電話:(0836)22647 傳真:(0836)22621 |
| 22. | 第十二(新竹)海巡隊 | 30057新竹市新港南路99號 | 電話:(03)5362570 傳真:(03)5366873 |
| 23. | 第十三(布袋)海巡隊 | 62541嘉義縣布袋鎮順安路79巷2號 | 電話:(05)3472199 傳真:(05)3473899 |
| 24. | 第十四(恆春)海巡隊 | 94645屏東縣恆春鎮大光路79之44號 | 電話:(08)8867125 傳真:(08)8867132 |
| 25. | 第十五(台東)海巡隊 | 95057台東市富岡街296之1號 | 電話:(089)280356 傳真:(089)281414 |
| 26. | 第十六(澳底)海巡隊 | 22844新北市貢寮區真理里新港街128號 | 電話:(02)24902010 傳真:(02)24902909 |
| 27. | 北部地區機動海巡隊 | 24941新北市八里區訊塘里6鄰厦竹圍7之9號 | 電話:(02)26194165 傳真:(02)26194728 |
| 28. | 中部地區機動海巡隊 | 43650台中市清水區北四路168號 | 電話:(04)26583582 傳真:(04)26583584 |
| 29. | 南部地區機動海巡隊 | 80441高雄市鼓山區蓬萊路32號 | 電話:(07)5514141 傳真:(07)5514083 |
| 30. | 東部地區機動海巡隊 | 97063花蓮市民有里北濱街31號
| 電話:(03)8340180 傳真:(03)8340183 |
| 31. | 直屬船隊 | 85243高雄市茄萣區崎漏里正遠路1號 | 電話:(07)6988006 傳真:(07)6988026 |
| 32. | 第五(高雄)海巡隊東沙駐地 | 東沙郵政91104信箱 | 電話:(07)2771001-691257 傳真:(07)2771021 |
| 33. | 第五(高雄)海巡隊南沙駐地 | 南沙郵政91106附2號信箱 | 電話:(07)2781001-692504 |
| 34. | 第九(金門)海巡隊羅厝分隊 | 89442金門縣烈嶼鄉上林村南糖1之27號(陽山營區) | 電話:(082)363816 傳真:(082)363817 |
| 35. | 第十(馬祖)海巡隊東引駐地 | 21201連江縣東引鄉樂華村160-3號 | 電話:(0836)76107 傳真:(0836)76599 |
| 36. | 第十(馬祖)海巡隊莒光駐地 | 21141連江縣莒光鄉青帆村18-1號 | 電話:(0836)88363 傳真:(0836)88010 |
| 37. | 第十三(布袋)海巡隊麥寮駐地 | 63801雲林縣麥寮鄉台塑工業園區1號港勤大樓 | 電話:(05)6812720 傳真:(05)6812291 |
| 38. | 第十四(恆春)海巡隊枋寮分隊 | 94044屏東縣枋寮鄉保生村海邊路336號(對面) | 電話:(08)8788226 傳真:(08)8788226 |
| 39. | 第十五(台東)海巡隊成功駐地 | 96145臺東縣成功鎮東海路2號 | 電話:(089)853112 傳真:(089)855323 |
| 40. | 第十五(台東)海巡隊綠島分隊 | 95142臺東縣綠島鄉公館村西段18-18號 | 電話:(089)671512 |
